В рамках муниципального устройства республики в границах административно-территориальных единиц Республики Алтай образованы 1 городской округ, 9 муниципальных районов и 91 сельское поселение.
Транспортный комплекс Республики Алтай представлен сетью автомобильных дорог и объектами воздушного транспорта.
На сегодняшний день на территории Республики Алтай функционирует один аэропорт в г. Горно-Алтайске, где в 2011 году был введен в эксплуатацию реконструированный аэродромный комплекс, включающий в себя взлетно-посадочную полосу длиной 2300 метров, перрон, места стоянок воздушных судов, а также современное аэродромное оборудование. Это позволяет обслуживать среднемагистральные воздушные суда, такие как Боинг-737, А-319, А-320, Ту-204.
В 1973-м году на территории республики был построен аэропорт «Кош-Агач», а в 1974 году — реконструирован аэропорт «Усть-Кокса». Однако в настоящий момент требуется модернизация аэродромной инфраструктуры.
В настоящее время осуществляется регулярное авиасообщение через Аэропорт «Горно-Алтайск» с городами Москва, Новосибирск, Красноярск, Екатеринбург авиакомпаниями «S7 Airlines», «Победа», «Сила» и «РусЛайн». Правительством Республики Алтай проводится активная работа по привлечению авиаперевозчиков в целях расширения сети авиамаршрутов, а также снижению стоимости авиабилетов.
С учетом социальной значимости г. Горно-Алтайск имеет статус особой экономической зон, включен в перечень труднодоступных населенных пунктов, что дает ему первую степень приоритета при распределении субсидий на региональных рейса, согласно Постановлению Правительства РФ от 25.12.2013 №1242 «О предоставлении субсидий из федерального бюджета организациям воздушного транспорта на осуществление региональных воздушных перевозок пассажиров на территории Российской Федерации и формирование региональной маршрутной сети».
Ведутся работы по открытию аэропорта г. Горно-Алтайска для международных полетов воздушных судов. Учитывая возрастающий поток туристов приобретают все большую актуальность вопросы не только сохранения действующих авиамаршрутов, но и открытия новых, в том числе до Новокузнецка и Иркутска. Для этого необходима проработка вопроса по субсидированию данных авиамаршрутов из федерального бюджета, поскольку в связи с высокодотационностью бюджета Республики Алтай возможность субсидирования из регионального бюджета отсутствует.
Таким образом, развитие авиаперевозок в Республике Алтай — как межрегиональных, так и внутрирегиональных — является важной составляющей социально-экономического развития Республики Алтай как в направлении развития туристической отрасли, так и решения задач транспортной доступности для населения внутри региона.